Der Ursprung der Pfadi St.Jakob liegt in Wallisellen. Dort bestand schon seit 1943 der Pfaditrupp Winkelried, der damals noch zur Abteilung Zürichberg gehörte. Dieser Trupp legte ständig an Teilnehmern zu, so dass 1951 in Dübendorf eine «Filiale» eröffnet wurde. Bereits im darauffolgenden Jahr – 1952, wurde aus der Filiale St.Jakob ein Trupp, bestehend aus einer Wolfsmeute und einem Pfadistamm. Gleichzeitig löste sich der Trupp Winkelried von der Abteilung Zürichberg und bildete zusammen mit St.Jakob die Abteilung Glattal. Währen einer Reorganisation des Kantonalverbandes wurde 1967 die Abteilung Glattal zum Korps Glattal umstrukturiert und die damals acht Glattaler Trupps wurden selbstständige Abteilungen.

Zu Beginn der 70er Jahre, nachdem viele ältere Leiterinnen und Leiter ihr Amt abgegeben hatten, stand es eine Zeit lang recht schlecht um die Abteilung und man war nahe daran, sie sogar aufzulösen! Doch mit einer neuen Generation konnte dieses Tief überwunden werden. Offenbar wurde diese Krise mit sehr viel Elan gemeister, denn einige Jahre später – 1980, wurde der Pfadistam (rund 60 Pfadis!) in die beiden kleineren Stämme «Aegert» und «Oberdorf» geteilt. Der Mitgliederbestand blieb in den folgenden Jahren immer wieder bei etwa 120 Personen, doch verlagerte er sich zusehends in Richtung Rover, so dass 1989 die beiden Pfadistämme wieder zu einem einzigen Stamm zusammengelegt wurden.

Seit 2007 ist die Pfadi auch für die kleinsten offen. Mit der Gründung der Biberstufe können nun auch schon Kinder ab 4 Jahren jeden Monat die Pfadi besuchen und sich im Wald austoben. 

Seit 2016 führt die Pfadi St. Jakob auch neu eine Piostufe. In dieser Stufe können die ältesten Pfadis ihre eigenen Ideen planen, umsetzen und übernehmen so für sich und ihre Gruppe Verantwortung und lernen damit umzugehen.